Na de definitieve val van het Romeinse Rijk in West-Europa (476) waren de Ostrogoten de baas in Italië en na 552 de Byzantijnen. De Byzantijnen werden in 568 op hun beurt grotendeels teruggedrongen door de Longobarden.

Al sinds de derde eeuw kwam het geregeld voor dat er meerdere pausen tegelijk waren. In deze gevallen erkent de kerk een van de pausen als rechtmatig en reduceert de andere daarmee tot tegenpaus. In veel gevallen is echter niet eenduidig vast te stellen of een paus al dan niet rechtmatig was. Sommige pausen die in hun eigen tijd als rechtmatig golden, worden thans als tegenpaus beschouwd of om andere redenen niet meer meegerekend.

Pausen bleven de eerste eeuwen ook na hun wijding hun doopnaam gebruiken. De eerste paus die zijn naam veranderde was, voor zover bekend, Johannes II (533-535). Hij heette eigenlijk Mercurius, maar de verwijzing naar de heidense god Mercurius werd voor een katholieke paus ongepast geacht. 

Hormisdas (514-523) was ten tijde van zijn verkiezing tot paus weduwnaar. Zijn zoon was de latere paus Silverius. Tijdens zijn pontificaat trad Hormisdas op als verzoener in meerdere schisma's. Hij nam de laatste groepen, die door het schisma van Laurentius buiten de kerkgemeenschap waren geplaatst, weer op in de Kerk. Zijn belangrijkste inspanning was echter het oplossen van het schisma tussen de oosterse en westerse kerken, dat sinds 484 de Kerk verdeelde (het schisma van Acacius van Constantinopel).  Waar de pausen de opvattingen van Arcadius als ketterij beschouwden, tolereerde de oosterse kerk en hun keizer dit veel meer. Uiteindelijk slaagde hij in 519. Hormisdas werd begraven in de oude basiliek van Sint Pieter. 

Theodorik de Grote, dwong hem naar de Byzantijnse keizer Justinus I  (518-527) te gaan om te pleiten voor de Ostrogoten. Johannes I was de eerste paus die in Constantinopel kwam en werd er met alle eer ontvangen. Slechts enkele van Theodoriks verzoeken werden door de Keizer ingewilligd. Toen Johannes I terugkeerde naar Rome werd hij door Theodorik gevangengenomen, omdat deze boos was op de miserabele resultaten van de Paus. Johannes I verbleef in de gevangenis in Ravenna, aangeklaagd wegens hoogverraad, tot zijn dood in 526 als gevolg van slechte behandeling. Zijn lichaam werd kort na zijn overlijden naar de Sint Pietersbasiliek gebracht en werd begraven in de entreehal. Na zijn dood in 526 werd er door de Scytische monnik Dionysius Exiguus op zijn verzoek, besloten op welke datum de paasviering moest plaatsvinden. Diens berekening wordt heden ten dage nog gebruikt.

Felix lll (526-530) Dioscurus (tegenpaus) (530)

Omdat er in 355 een tegenpaus is geweest die de naam Felix II gebruikte, is deze paus de derde Felix in de officiële lijn van pausen. Toen hij zijn einde voelde naderen, riep hij zijn gehele gevolg rond zijn sterfbed en gaf de opdracht om zijn aartsdiaken Bonifatius tot zijn opvolger aan te stellen. Dat zou hij gedaan hebben uit vrees voor ernstige onenigheid na zijn dood. Felix had een afschrift van zijn beslissing naar het koninklijk hof te Ravenna gestuurd, maar de senaat gaf een edict uit, waarin discussie over de opvolging van een paus voortaan verboden werd zolang deze nog in leven was, laat staan de aanstelling van zijn opvolger. Na zijn dood leidde dit tot een schisma, waarop Dioscurus tot tegenpaus uitgeroepen werd, maar deze stierf na een pontificaat van slechts 22 dagen

Er is van hem een mozaïekportret bewaard, dat beschouwd mag worden als de oudst bewaarde afbeelding van een paus uit zijn eigen tijd. Na zijn dood werd hij bijgezet in het portaal van de Sint-Pietersbasiliek. 

Bonifatius ll (530-532)

Bonifatius II werd paus op voorspraak van zijn voorganger Felix III. Hij was een Ostrogoot van geboorte en werd daarom erg gesteund door de Gotische koning Athalarik (526-534) een vriend van Felix III (IV) en bovendien een ariaan. Bonifatius II werd na zijn dood bijgezet in de oude basiliek van Sint-Pieter. Hij was de eerste paus die niet heilig werd verklaard.

Johannes ll (533-535)

Hij was de zoon van Projectus, een Romein. Hij was de eerste paus, Petrus niet meegerekend, die bij zijn ambtsaanvaarding van naam veranderde, zoals later gebruikelijk werd. De reden hiervoor was dat zijn geboortenaam Mercurius was, en hij het ongepast vond om met de naam van een heidense god als paus op te treden. Johannes II stierf in 535 en werd begraven in de oude basiliek van Sint-Pieter.

Rechts: Felix lll

Agapitus l (535-536)

Agapitus I of Agapetus I werd geboren in Rome en was de zoon van de priester Gordianus. Zijn vader werd vermoord tijdens rellen onder het pontificaat van Symmachus. Agapitus I werd verkozen door de Roomse geestelijkheid, d.m.v. vrije pauselijke verkiezing (er was geen conclaaf!). Agapitus werkte samen met Cassiodorus om in Rome een bibliotheek op te richten van kerkelijke auteurs in het Grieks en Latijn. Ze vertaalden ook Griekse boeken naar het Latijn. Agapitus werd door de Ostrogotische koning Theodahad naar Constantinopel gestuurd om keizer Justinianus I, die plannen koesterde om Italië te veroveren, van gedachten te veranderen. Hij vertrok midden in de winter met 5 bisschoppen naar Constantinopel. In februari 536 arriveerde hij daar en werd er met alle eer ontvangen. Hoewel hij op politiek niveau erg weinig bereikte, bereikte hij op religieus niveau wel veel. Agapitus maakte Anthimus, de patriarch van Byzantium, uit voor indringer en ketter, omdat deze zich zonder toestemming bij het monofysitisme had gevoegd. Anthimus trok zich hier niets van aan en zei dat Agapitus terug moest keren naar zijn verlaten stoel in Rome. Hier trok de paus zich ook niets van aan en weigerde dit. Dit maakte de keizer boos en hij dreigde zelfs zo ver te gaan de paus te verbannen. De paus sprak de keizer hierover aan en overtuigde hem dat Anthimus niet geschikt was voor zijn ambt. Deze werd dus ontslagen en vervangen door de meer orthodoxe Mennas. Kort hierna werd de paus ziek en stierf. Zijn pontificaat had slechts 10 maanden geduurd. Zijn lichaam werd in een loden kist teruggebracht naar Rome, waar hij in de Sint-Pieter werd begraven.  

Silverius (536-537) was de zoon van Hormisdas, voordat deze priester werd. Zijn beleid tijdens zijn pontificaat maakte hem zeer impopulair in het Byzantijnse Rijk. Keizerin Theodora probeerde daarom Vigilius tot paus te maken.

Vigilius kwam uit een oud Romeins geslacht. Zowel zijn vader als zijn broer waren waarschijnlijk consul en Bonifatius II had Vigilius aanvankelijk al tot zijn opvolger bestempeld. Hij werd er echter toe gebracht daarop terug te komen. Onder Agapitus I werd Vigilius benoemd tot pauselijk vertegenwoordiger in Constantinopel. Na de dood van Agapitus in 536 werd hij door de keizer naar Rome gestuurd als de nieuwe paus. 

Op 9 december 536 werd Rome ingenomen door Belisarius generaal van het Byzantijnse Rijk. Witiges, koning der Ostrogoten (536-540), probeerde de stad door belegering terug te veroveren. Omdat de Romeinse bevolking dreigde te verhongeren zou Vigilius volgen de stad aan Witiges over te leveren. Maar zover kwam het niet . Silverius werd afgezet en op 29 maart 537 werd Vigilius tot paus gewijd. Silverius werd in een kerker op het eiland Panditaria gegooid (volgens het Liber Pontificalis werd hij naar Palmarola verbannen).en stierf korte tijd later onder de harde behandeling die hem ten deel viel. 

Vigilius (537-555)

Hoewel de gehele kerk hem uiteindelijk toch aanvaardde als paus, werd Vigilius duidelijk gezien als een stroman van de keizer. Mogelijk heeft hij  aanvankelijk geprobeerd de breuk met de monofysieten te overbruggen, maar in 540 nam hij duidelijk stelling tegen deze stroming in de kerk en tegen de afgezette patriach Anthimus. In 543 ontstond er door de veroordeling van Origenes, een theoloog uit Alexandrië, die tijdens de vervolging onder keizer Decius de marteldood stierf, door keizer Justinianus opnieuw een moeilijke situatie. Vigilius aarzelde aanvankelijk ook om de veroordeling te ondersteunen, maar werd door de keizer naar Constantinopel gecommandeerd. Dit gebeurde terwijl de stad Rome juist door Totila (541 - 552), de koning van de Ostrogoten werd belegerd. Vigilius besloot echter toch gevolg te geven aan het keizerlijk bevel. Bij het aan boord gaan van zijn schip op de Tiber werd hij door het volk als een verrader beschimpt en met stenen bekogeld. In Constantinopel probeerde hij de keizer te bewegen tot hulp aan zijn zwaar geplaagde volk, maar deze had daar hoegenaamd geen oren naar. De keizer eiste dat hij zijn veroordeling van Origines steunde. Na acht jaar verblijf in Constantinopel gaf Vigilius eindelijk toe, een ommezwaai die hem in het westen niet in dank werd afgenomen. Inmiddels was de stad Rome eerst in Ostrogotische, daarna weer in Byzantijnse handen overgegaan en had zelfs een tijdje leeg gestaan. In 555 probeerde Vigilius naar huis terug te keren, maar hij kwam niet verder dan Syracuse op Sicilië, waar hij stierf. De pauselijke troon bleef daarna bijna een jaar onbezet. 

Pelagius l (456-561)

Pelagius was de zoon uit een adellijk Romeins geslacht. Zijn vader, een zekere Johannes, was leider van een van de twee toenmalige kerkdistricten in Italië. Pelagius was één van de metgezellen van paus Agapitus I op zijn missie naar Byzantium, en verbleef daar als nuntius. Toen in 546 Vigilius naar Byzantium werd gezonden, bleef Pelagius in Rome. Toen Totila Rome belegerde, trad Pelagius op als zijn afgezant. Hij deed er alles aan om het hongerige volk te helpen, wat hem zijn vermogen kostte, maar faalde. Het stemde Totila echter wel milder nadat hij Rome had ingenomen. Na de dood van Vigilius werd Pelagius door Justinianus I aangewezen als zijn opvolger. Men vermoedde dat Pelagius achter de dood van Vigilius, in veel opzichten een stroman van Justinianus, zat. Alleen door een eed te zweren op het Heilige Kruis en het Evangelie kon hij zich van de verdenkingen ontdoen. Hoewel hij eerst een tegenstander was van Justinianus' verzoeningsleer met betrekking tot onder andere de monofysieten, nam hij later diens standpunt over. Dit maakte de Heilige Stoel erg ongeloofwaardig bij haar volgelingen.

Johannes lll (561-574)

Hoewel Johannes bijna dertien jaar lang paus was is er maar heel weinig bekend van zijn pontificaat. Dit viel tijdens de invasie van de Longobarden (568) en vrijwel alle informatie van zijn regeringsperiode is verloren gegaan. 

Benedictus l (575-579)

Benedictus I werd geboren in Rome en was de zoon van een rijke edelman. Door de verwoestingen, plunderingen en de aanval op Rome door de Longobarden was contact met Constantinopel vrijwel onmogelijk. De Byzantijnse keizer in Constantinopel, hoorde dan ook pas na 11 zijn verkiezing tot paus. De inauguratie van deze paus werd daarom ruim een jaar na de verkiezing gehouden, omdat de toestemming van de keizer tot dusver ontbrak. Hij werd begraven in de hal van de Sint-Pieter.

Pelagius ll (579-590) werd in Rome geboren als zoon van de Ostrogoot Winigild. Tijdens zijn pontificaat deed Pelagius II verwoede pogingen de kerk, die sinds het Concilie van Chalcedon (451) in een schisma verwikkeld was te verzoenen. Dit lukte niet door tegenwerking van de Longbarden. Pelagius stuurde vervolgens een gezant naar Byzantium, maar keizer Maurikios (582-602) slaagde er evenmin in veel te bereiken. Daarop vroeg Pelagius hulp bij de Frankische koning Childebert ll (575-595) van Metz-Austrasië die echter Italië verliet na omgekocht te zijn door de Longbarden.

Op theologisch gebied was Pelagius erg actief: hij verscherpte bijvoorbeeld de regels omtrent het celibaat, die echter door zijn opvolger, Gregorius l de Grote (590-604) weer versoepeld zouden worden.

Tijdens de wapenstilstand tussen de Longobarden en de Byzantijnen (585-589) wijdde hij zich aan de bouw van kerken. Zo bouwde hij een grafkerk op de plaats waar de heilige Laurentius gemarteld was, de Sint-Laurens buiten de Muren. Pelagius II viel ten prooi aan de pestepidemie die sinds eind 589 door Rome woedde, waaraan hij in 590 overleed.

colofon