Een tijdlang zijn de meningen verdeeld geweest over welke groep reptielen gestalte heeft gegeven aan de klasse der vogels, een minderheid heeft gedacht dat vogels uit de groep reptielen zijn ontstaan die naar de krokodillen leidt (de Crurotarsi).

Boven: Hesperosuchus, de vroegste vorm van de Sphenosuchia. Dit dier leefde in het Laat-Trias (ca. 228 mjg.)

De aanhangers van deze hypothese denken dat de voorouders van vogels zijn ontstaan in de familie van de krokodillen, maar vóórdat de ware krokodillen zich ontwikkelden. Inderdaad vinden we binnen de groep van Sphenosuchia (Onderorde) binnen de Superorde Crocodylomorphen, dus buiten de Crocodylia, de meest ontwikkelde vogelkenmerken. A.D. Walker was de voornaamste aanhanger van deze hypothese, hij baseerde zijn bevindingen op zijn gedetailleerde studies van de hersenpan, schedelbeen, oorregio en andere kenmerken in Sphenosuchus, een crocodylomorph uit de Late Jura van Zuid Afrika. Zijn mening werd grotendeels ondersteund door L.D. Martin en zijn studenten, hoewel zij probeerden te bewijzen dat vogels afstammelingen waren van zowel echte krokodillen als crocodylomorphen. 

Veel van de gevonden overeenkomsten zijn juist geanalyseerd maar bleken veel voorkomend te zijn onder Archosauriërs (de voorouders van Thecodontia, Krokodilachtigen , Pterosauria, Saurischia en Ornitischia) of gelijktijdig te zijn ontwikkeld in bepaalde krokodillen en vroege vogels (maar niet present in de gehypnotiseerde gezamenlijke voorouder van beide groepen). Wederom kan tot op de dag van vandaag met al het geleverde bewijs geen cladistisch bewijs worden overlegd dat een crocodylomorphische afkomst van vogels ondersteund.

De vraag naar de oorsprong van de vogels werd diepgravend onderzocht door de Deense tekenaar en ornitholoog Gerhard Heilman rond 1916. Hoewel hij veel overeenkomsten tussen dinosaurussen en vogels vond, kwam hij toch tot de conclusie dat hier van convergente evolutie sprake moest zijn: het vorkbeen van vogels is ontstaan uit het sleutelbeen van reptielen. Dinosauriërs hadden deze echter niet, en konden dus niet de voorouders van de vogels zijn. Volgens Heilman moeten de voorouders van de Vogels worden gezocht bij de Thecodonten, de verre voorouders van de Dinosauria

In 1926 werd Gerhard Heilmann’s boek The Origin of Birds gepubliceerd. Dit boek was het resultaat van een zeer uitgebreid onderzoek van de vogelbiologie, inclusief anatomie, embryologie, spierkunde, vleugelonderzoek, paleontologie en vele andere onderwerpen. Heilmann kwam tot de conclusie dat theropode dinosauriërs de meeste overeenkomsten bezaten van alle fossiele groepen tot Archaeopteryx en andere vogels, maar omdat theropode dinosaurussen geen sleutelbeen zouden hebben verwierp hij deze groep als directe voorouders. Hij concludeerde dat de afkomst van vogels moet hebben gelegen bij de meer basale Archosauriërs misschien bij vormen die verbonden zijn aan Ornithosuchus of Euparkeria, welke wel sleutelbeenderen bezaten. Sinds die tijd zijn er echter wél dinosauriërs ontdekt die sleutelbeenderen hebben, onder andere in de familie der Ceratosauriërs bij Coelophysis en Segisaurus, en een volledig gevormd vorkbeen is recentelijk ontdekt in de theropode Allosaurus, en van tyrannosauriden tot Velociraptor, Oviraptor en Ingenia. Sinds Heilmann hebben andere paleontologen geprobeerd de thecodont-hypothese te bewijzen, maar zonder veel succes. Geen enkele specifieke basale-archosauriër is kandidaat voor een direct voorouderschap of het dichtstbijzijnde bekende dier tot vogels. De thecodonte oorsprong van vogels staat zwaar onder druk omdat er geen verdediger van de thecodonte oorsprong er in is geslaagd een cladogram te maken die hun hypothese geheel of gedeeltelijk ondersteund.

Paleontologen van naam, zoals Feduccia en Martin, die zich tegen de Dino-hypothese verzetten en denken dat de vogels uit de vroege voorouders van krokodillen of dinosaurussen zijn voortgekomen, of wellicht uit een groep binnen de Thecodonten (de Ornithosuchia dus).

De groep paleontologen die zich rond ze gevormd heeft, de "BAND" (Birds Are Not Dinosaurs), zegt dat veel van de genoemde overeenkomsten slechts met de Ornithomimiden en andere leden van de groep Maniraptoriformes zijn, een groep die (zo beweren ze) pas 70 miljoen jaar ná Archaeopteryx leefde, andere worden juist weer ook in andere groepen aangetroffen dan alleen Dinosauriërs en vogels (maar dat soort fouten wordt juist door de kladistische methode voorkomen). Hun treft meestal het verwijt dat hun methode (net zolang de fossielen bekijken tot zich een subjectieve overtuiging vormt) niet objectief en exact genoeg is in vergelijking met de kladistische die ze noodgedwongen moeten verwerpen. Twee beruchte citaten zijn typerend voor hun houding: Feduccia: "De kladistische methode moet wel fout zijn, want iedere methode die uitwijst dat vogels dinosauriërs zijn, is fout"; Martin, sprekend over de verwantschap tussen vogels en theropoden: "Ik zie het gewoon niet!". Hun grootste probleem is wel dat er geen enkele serieuze alternatieve kandidaat gevonden is."

ARCHOSAUROMORPHA
|--CROCODYLOMORPHA 
`--+--PTEROSAURIA
   `--Dinosauromorpha (Thecodontia)
      |--Lagerpeton 
      `--Dinosauriformes Ornithosuchia
         |--Lagosuchidae 
         `--Dinosauria (Saurischia)

Volgens een recente theorie zijn de vogels ontstaan uit de Lagosuchidae, een groep die gerekend wordt tot de onderorde Ornithosuchia, een aftakking van de Thecodontia. De Ornithosuchia is één van de groepen waar we de gemeenschappelijke voorouder van de Dinosauriërs, Krokodillen en de Pterosauria (vliegende Hagedissen) moeten zoeken. De Lagosuchidae leefden in het Trias (245 - 208 miljoen jaar geleden). Net als de Ornithosuchia liepen zij volledig rechtop en de meeste soorten hadden een de S-vormige hals. 

colofon