Blauwalgen worden ingedeeld bij de groep Prokaryoten: bacterieachtige vormen die gezamenlijk binnen één celmembraan leven: de "moedercel". 

Woese rekent de Cyranobacteriën tot het domein Bacteria. 
Behalve chlorofyl bezitten ze een blauwe kleurstof en sommige soorten ook een rode. Blauwwieren zijn eencellig en kunnen kolonies of draden vormen. 

Blauwalgen hebben een eenvoudiger bouw dan algen. De meeste soorten hebben een blauwe kleur, maar er zijn er ook met een roodbruine kleur gevormd door de kleurstof fycoërytrine, zoals in de Rode Zee. De kleurstoffen zijn niet zoals bij de planten gebonden aan kleurstoflichamen, maar zitten in in de buitenste plasmalagen van de cel.

Cyanobacteriën behoren tot de oudste organismen op aarde; er wordt geschat dat ze al 3,5 miljard jaar bestaan en ontstonden aan het begin van het Swazian (3500 - 2800 miljoen jaar geleden), toen de Aarde nog geregeld werd getroffen door inslagen. 

Cyanobacteriën waren de eerste organismen op aarde die zuurstof konden produceren en zo de ontwikkeling van hogere organismen mogelijk hebben gemaakt. Volgens de Endosymbiontenhypothese (de therorie die voor een deel verklaart hoe planten en dieren ontstaan zijn uit blauwwieren) zijn de chloroplasten in plantencellen ontstaan uit voorouders van de huidige blauwalgen.

Blauwalgen leven niet alleen in zoet en zout water maar ook in de grond, op rotsen, takken en boomstammen. In de tropen leven ze als epifyten op bladeren van planten. Sommige soorten kunnen zeer hoge temperaturen, tot zelfs 75-85°C, verdragen en leven in heetwaterbronnen. Er zijn ook soorten die in symbiose leven met een bepaalde plant, zoals de blauwwier Anabaena azollae in de bladholten van het watervarentje en andere blauwwieren in de wortels van palmvarens en Gunnera. Daarnaast zijn er soorten die nauw met korstmossen samenleven. Overal op de planeet zijn stromatolieten en oncolieten te vinden, die bestaan uit de kalkafzetting van grote kolonies cyanobacteriën, die meters hoog kunnen worden.

Bron: Blauwalgen - Wikipedia